Η ελάχιστα επεμβατική χειρουργική επιτρέπει στον χειρουργό να χειρουργεί διά μέσου πολύ μικρών τομών, χρησιμοποιώντας μία χειρουργική οπτική που μεταφέρει το χειρουργικό πεδίο σε μία τηλεοπτική οθόνη και ειδικά σχεδιασμένα εργαλεία. Όταν πραγματοποιείται στην κοιλιακή χώρα λέγεται Λαπαροσκοπική χειρουργική, ενώ όταν πραγματοποιείται στον θώρακα καλείται Θωρακοσκοπική Χειρουργική (VATS). Στην κλασσική χειρουργική ο χειρουργός «ανοίγει» το ανθρώπινο σώμα και έρχεται σε άμεση οπτική και απτική επαφή με το πρόβλημα. Επίσης, προκαλεί  μεγάλες χειρουργικές τομές και μετεγχειρητικές ουλές. Η λαπαροσκοπική προσέγγιση έχει ως στόχο την ελαχιστοποίηση του μετεγχειρητικού πόνου και την επιτάχυνση του χρόνου αποκατάστασης. Χρησιμοποιήθηκε αρχικά στα παιδιά για διαγνωστικούς σκοπούς και σύντομα βρήκε τη  θέση της στη θεραπεία των χειρουργικών παθήσεων σαν  «ελάχιστα επεμβατική» .

Με την ευρεία χρήση του προγεννητικού υπερηχογραφήματος, όλο και περισσότερες συγγενείς ανωμαλίες διαγιγνώσκονται πριν από τον τοκετό. Ο Παιδοχειρουργός που καλείται να τις αντιμετωπίσει μετά τον τοκετό, έχει ένα σημαντικό συμβουλευτικό ρόλο σχετικά με την βαρύτητα, την δυσκολία αντιμετώπισης και την τελική πρόγνωση αυτών των συγγενών ανωμαλιών. Η συμμετοχή του στη προγεννητική συμβουλευτική συνέντευξη είναι καθοριστική για τη λήψη αποφάσεων, κυρίως σε θέματα που αφορούν στη συνέχιση η τη διακοπή της κύησης.

Στις περιπτώσεις κυστεοουρητηρικής  παλινδρόμησης (ΚΟYΠ)  συνίσταται αναμονή και ελέγχος της λειτουργικότητας των νεφρών και του σταδίου της.

Η ΚΟYΠ αντιμετωπιζεται σύμφωνα με την εξέλιξη της, όπως ανάπτυξη υποτροπιαζουσών, ουρολοιμώξεων, έκπτωση της νεφρικής λειτουργίας, νεφρικές ουλές, επιβάρυνση του βαθμού παλινδρόμησης, που αποτελούν ενδέιξεις  χειρουργικές  θεραπείας. Τα τελευταία  15 χρόνια έγινε η ενδοσκοπική διόρθωση ΚΟYΠ με κυστεοσκόπηση και έγχυση του Deflux που έχει το πλεονέκτημα ότι είναι μια απορροφήσιμη ουσία. Η κλασσική χειρουργική αντιμετώπιση  χρησιμοποιείται ακόμη  σε ορισμένες περιπτώσεις.